1、次氯酸鈉較主要的作用方式是通過它的水解形成次氯酸，次氯酸再進一步分解形成新生態氧，新生態氧的強氧化性使菌體和上的蛋白質等物質變性，從而致死病源微生物。其實，cl2消毒的原理也主要是以產生出次氯酸，然后釋放出新生態氧[O]的方式。
根據化學測定，PPM濃度的次氯酸鈉在水里幾乎是*水解成次氯酸，其效率高于99.99%。其過程可用化學方程式簡單表示如下：
NaClO + H2O= HClO + NaOH
HClO → HCl +[O]
2、次氯酸在、殺毒過程中，不僅可作用于細胞壁、外殼，而且因次氯酸分子小，不帶電荷，還可滲透入菌體內，與菌體蛋白、核酸、和酶等有機高分子發生氧化反應，從而殺死病原微生物。
R-NH-R + HClO → R2NCl + H2O
同時，次氯酸產生出的氯離子還能顯著改變細菌和體的滲透壓，使其細胞喪失活性。
此外，次氯酸鈉還能夠分解蔬菜、水果等農副產品上所殘存的微量元素。絕大多數藥都是由有機物組成的，次氯酸鈉所釋放出來的新態氧能氧化分解掉這些物質。這無疑對現代農業、果蔬包裝業的發展具有重大推動作用。
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